El parque nacional Arrecife de Puerto Morelos forma parte de la barrera arrecifal denominada «Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental» considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo, así mismo esta sección de la barrera, ubicada frente a Puerto Morelos, se extiende al norte hasta la colindancia con el parque nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc, y a 40 km al sureste se encuentra el parque nacional Arrecifes de Cozumel.