El municipio de San Juan de los Lagos es uno de los 125 municipios en que se encuentra dividido el estado mexicano de Jalisco. Se encuentra en el noreste del estado, en la región conocida como los Altos de Jalisco y su cabecera municipal es la ciudad de San Juan de los Lagos, uno de los centros de peregrinación religiosa más importantes de México. Era parte del Departamento de Aguascalientes. Es parte de la macrorregión del Bajío. ​ ​ ​