根据功能的不同，树木园分为科普专类园区、苗圃示范区、特色科属种质资源保存区、生态林建设示范区和入口管理区等5个功能区(包括19个小区)。目前，木兰园、系统分类区、优良乡土树种展示区、竹园等四个小园区已初步建成，其它小园区正在建设之中。已收集、引种标本树种1200多种，数量15000多株，其中木兰科95种，竹类250多种，含银杏、单性木兰、红豆杉等7种珍贵树种在内的国家重点保护和珍稀濒危树种90多种。同时，中山树木园各项基础设施及配套设施日趋完善，已完成15公里登山路、8公里环山路、人工湖场等基础设施建设。