南山寺位于南通通州城区珠江路与金桥东路交汇处，总占地120亩。与南山湖相依相伴，景色宜人，寺庙以药师佛为尊，以琉璃净土为宗，力倡东方药师佛琉璃净土“褔慧双修”的六度法门，朝唱行持，暮思恒守。