为了利用有限的空间全面展示广州的河涌文化，东濠涌博物馆充分采用现代声光电技术，复原和展示了河涌沿岸商贸人文盛况，再现了宋代六脉渠地图和东濠涌沿岸历史风情和民俗文化，给人留下深刻印象。博物馆两层建筑共设五个展厅。一号展厅“东濠溯源”展示了纵横交错的河涌是如何滋养广州城，进而影响广州两千多年来的发展；二号展厅“东濠商贸”展开了东濠一河两岸商贸民俗的画卷，让人们细细回味曾经的繁华与浪漫；三号展厅“东濠蕴梦”再现了疍家姑娘哼着咸水歌沿涌荡舟卖水果的美丽瞬间；四号展厅“东濠哭泣”展示了被污染后的河涌污泥黑臭、垃圾满涌的情景；五号展馆“东濠新篇”展示了东濠涌治水的成果，美丽重现令人精神一振。