北京大高玄殿坐北朝南，南北呈长方形，占地约13万平方米，主体建筑有三座门、大高玄门、钟鼓楼、正殿名大高玄殿、后殿名九天应元雷坛，大高玄殿山门有东西牌坊各一座。